和中国一样，日本科幻创作也是在欧美作品译介的影响下起步的，先后历经150年的发展历史，从幕府末期（十九世纪50年代）的政治虚构小说发轫，经明治时期（1868年-1912年）的儒勒·凡尔纳热潮及其引发的未来小说、冒险小说热，大正时期（1912年-1926年）、昭和（1926年-1989年）初期的侦探小说、科学小说热，直到1970年前后，才孕育出以星新一、小松左京、筒井康隆等为代表的第一代现代科幻作家，象征日本科幻的真正成熟与繁荣。
星新一、小松左京和筒井康隆并称为日本科幻“御三家”，代表了日本在科幻这一领域的最高成就。御三家中，以星新一辈分最高。他的作品被很多教科书收录，深受少年儿童喜爱，被誉为“科幻中的俳句”，同时，他也是三人中唯一一个专致于短篇小说乃至超短篇小说创作的科幻作家。
另一位作家小松左京堪称科幻作家中的社会派，作品题材广泛，风格多样，但贯穿其中不变的是其对宇宙的思考和对人类文明的关怀。小松左京发表于1973年的代表作《日本沉没》可谓是日本战后科幻史上具有决定性意义的作品。《日本沉没》描述了一场由于地壳运动导致日本列岛逐渐沉没的灾难，借科幻之名，实则表达的是对当时日本社会现象的批判和反思。该书出版后即创下上下集共400万册的销售记录，成为当年日本第一畅销书（后又由东宝公司拍成电影），并于翌年荣获第27届日本推理作家协会奖和第5届日本科幻文学星云奖。
筒井康隆是御三家中唯一尚健在的一位，也是兴趣最广泛的一位。他不但创作科幻小说，也写作一些介于纯文学和娱乐文学之间的作品。筒井康隆最擅长的风格是犀利的讽刺，以天马行空的想象力构建一个荒诞世界。由他作品改编而成的影视或动画包括《穿越时空的少女》《盗梦侦探》等名作，广受赞誉。
科幻这一类型文学从诞生之初就饱受争议。严肃文学评论家认为其空想无用，不能教化大众改造社会，却又嫉羡于其畅销和卖座。科幻作家很难受到主流认可，这曾经是以星新一为代表的第一代科幻作家的困境。另一方面，一些严肃作家也偶尔涉足写作科幻风格作品。
被誉为“日本的卡夫卡”的安部公房，早在二十世纪40年代就开始采用超现实主义和科幻小说手法创作作品，并在1959年出版了长篇科幻小说《第四间冰期》。尽管如此，若将安部公房视为科幻作家，恐怕大部分人会感觉不妥。他的手法之新和内容之深，对现代生存困境和人的异化讨论之切，都远远超出了科幻文学讨论的范畴。日本诺贝尔文学奖获得者大江健三郎曾在获奖后表示，“如果安部公房先生健生，这个殊荣非他莫属，而不会是我”，可见其地位之高。
无独有偶，曾三度入围诺贝尔文学奖的三岛由纪夫，也曾创作过一部长篇科幻作品《美丽之星》。虽然科幻界对这部作品评价不高，认为其是一部徒有其表的伪科幻作品，但科幻与纯文学的这种交融的传统，却一直被保留了下来，直至今日。2012年凭《道化师之蝶》而获得日本纯文学最高奖项芥川奖的圆城塔，就是这样一位跨界作家。理科出身走上文学创作道路的他，作品非常难以被定义，是科幻、文学、哲学、恐怖小说、元小说的融合体。另一位医科出身的科幻小说作家石黑达昌的短篇《直到瞑目的短短瞬间》，则因其引人深思的题材和纯文学的创作手法同样获得了芥川奖的提名。
在日本文坛，跨界不仅存在于科幻与纯文学之间，也存在于科幻文学与恐怖文学、轻小说等其他文类之间。小林泰三和濑名秀明，就是恐怖科幻小说的代表作家。前者的《玩具修理者》以令人毛骨悚然的笔调探讨人与非人的界限，后者的《寄生前夜》讲述的是一个线粒体试图控制人类的生化灾难，他们都曾荣获日本恐怖小说大奖。而集科幻、推理、恐怖、轻小说创作于一身的作家贵志佑介，最新作品《自新世界》亦是收获评论和读者的一致好评。交融碰撞，兼收并蓄，日本科幻就是这样在争议中前进着的。
如果说美国诞生了最好的科幻电影——《阿凡达》《黑客帝国》《星际穿越》，那么日本就拥有世界上最好的科幻动画。日本科幻小说界，一开始就不仅仅是重视文字，而且对视觉上的表现也十分重视。科幻作家从最初便与动漫、电影等深深结缘，手冢治虫的《铁臂阿童木》和藤子不二雄的《机器猫》，不仅是动漫史上的不朽名作，也是极佳的视觉科幻故事。
1954年科幻电影《哥斯拉》问世，这部怪兽灾难片使日本的科幻发展迈上一个新的台阶。哥斯拉后来成为日本类似电影、动画、漫画的怪兽原型，对于动漫作品的怪兽形象有很深远的影响。另一个不得不提的系列则是《奥特曼》系列，这部自1960年代起推出的科幻电视剧首创“巨大英雄与怪兽对战”的模式，并经久不衰，成为与哥斯拉齐名的另一文化符号。
1997年日本科幻大奖授予庵野秀明监制的动画片《新世纪福音战士》，2004年该奖又一次授予了一部动画片——押井守监制的《攻壳机动队》。这两部作品都享有国际声誉，拥有大批粉丝。可以说，日本的科幻动画比日本的科幻小说更能代表日本科幻的最高水准。
日本科幻相关产业链非常发达。一部优秀的科幻作品问世之后，会被迅速改编成漫画、电影、动画、广播剧等相关艺术形式。像贵志佑介的《自新世界》，由其改编而成的动画片在中日两国都广受追捧。电影和动漫等视觉艺术，可以吸引很多年轻的观众对科幻的热情和关注，其中也隐藏着巨大的商业潜力。
日本是名符其实的“文学奖”之国，大大小小奖项名目繁多，层出不穷。与科幻相关的权威奖项，主要是星云奖和日本科幻大奖。
星云奖，得名于1954年创刊的日本科幻杂志《星云》。虽与美国星云奖同名，但却更多的参照美国雨果奖的评选方式。奖项从本年度发表的科幻作品中选出，由每年一度的日本科幻大会与会者投票。最初只针对小说和电影颁奖，后来扩展为八大奖项。“日本长篇部门”“日本短篇部门”“海外长篇部门”“海外短篇部门”“媒体部门”“动漫部门”“艺术部门”“非虚构部门”和“自由部门”。值得一提的是，2014年日本星云奖海外最佳短篇小说获奖作品授予了美籍华人刘宇昆的作品《手中纸，心中爱》，该文以细腻的笔触展现了在美第一代和第二代中国移民的文化冲突，曾获2012年美国的雨果奖和星云奖。
日本科幻大奖，于1980年由日本科幻作家俱乐部创立，依托德间书店为后援，至今已有三十多年历史。该奖的评委由科幻专业人员和成名作家构成，最大特征是不设分项，与科幻相关的一切小说、电影、漫画、评论、科普作品均一同评选。像这样将不同类型的艺术形式以同一标准进行评选，是很少见的。
除了奖项，日本科幻的繁荣也少不了出版社和杂志的助力。创立于1945年的早川书房，最初是专门出版戏剧相关书籍的出版社，而现在则是日本科幻和推理出版的主力军，不仅扶植本土创作，还大量引进海外作品。早川书房下设的《科幻杂志》和我国的《科幻世界》杂志一样，是一本商业科幻月刊杂志。自1970年起，它还定期出版《早川科幻文库》系列，翻译引入了《世界科幻文库》系列，并主办早川新人科幻奖。
创立于1954年的东京创元社是另一家致力于出版推理、科幻、奇幻和恐怖小说的出版社。该社自1963年开始发行创元科幻文库，并主办了创元科幻短篇奖。（授权转载）
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